康熙皇帝跪拜朱元璋的原因可以从多个角度来理解：
表达尊敬
康熙皇帝对朱元璋的尊敬体现在他多次前往南京明孝陵祭拜，并进行了极为周全的礼仪，显示出他对朱元璋的崇敬和认可。
政治需要
康熙祭拜朱元璋也有政治上的考量，通过此举可以安定民心，向汉人表明清朝是明朝的合法继承者，减少汉人对清朝的仇恨和敌意，同时拉拢汉人士族，维护自己的统治。
历史传统
在当时的文化传统中，皇帝祭拜先代皇帝是一种常态，康熙帝作为大清皇帝，向明朝开国皇帝朱元璋下跪也是符合当时礼节的正常行为。
社会影响力
康熙帝的举动对当时的社会产生了影响，他的行为让汉人和参与的官员感动，有助于缓和社会矛盾，树立自己圣贤君子的形象，并表明他对待汉人尊重的态度。
个人崇拜
康熙帝从朱元璋身上看到了很多值得学习的地方，如朱元璋从布衣到皇帝的成长历程，因此将朱元璋视为楷模和学习对象。
文化认同
康熙帝祭拜朱元璋也是向天下人表明，尽管清朝是满族建立的政权，但康熙帝在对待汉人上会保持公正，以此维护清朝的正统性和统治的合法性。
通过上述分析，我们可以看到康熙帝跪拜朱元璋的行为是多方面因素综合作用的结果，既有个人的尊敬与崇拜，也有强烈的政治目的和对社会稳定的考量