《科学超电磁炮T》中白井黑子的最终命运是 恢复记忆并与御坂美琴和解。在动画版中，白井黑子因为一系列事件而心情沮丧，但在第3集的最后，她与御坂美琴一起做预告，尽管被御坂美琴电了一下，但她感到非常开心，因为这是她最爱的姐姐大人御坂美琴电的。
在漫画版中，白井黑子的记忆被食蜂操祈修改，删除了有关御坂美琴的记忆，这是为了防止干扰到食蜂的计划。然而，随着剧情的发展，特别是当麻的介入，白井黑子和其他人的记忆有望被恢复。
综合以上信息，可以得出结论：白井黑子在动画版中最终与御坂美琴和解并恢复了记忆，而在漫画版中，尽管她的记忆一度被修改，但剧情发展表明她的记忆最终也会被恢复，并且她与御坂美琴的关系也将得到修复。