皇甫龙斗背叛的原因主要有以下几点：
灵域的隐瞒
灵域在几百年前因为一场战争丢失了两颗神珠，导致超度亡灵的无相门威力大减，许多本该超度投胎的亡灵无法被净化，最终变成了恶灵。灵域却选择了隐瞒真相，镇魂将因此受到严重损失，而皇甫龙斗作为受害者之一，深感愤怒和背叛。
个人遭遇的不公
皇甫龙斗的养父曹火牛和亲生父亲鬼符三通都因灵域的隐瞒而死亡。他亲手杀死了变成恶灵的养父，并让嫂子唐笑笑去暗杀自己的亲生父亲，这些经历让他对灵域产生了深刻的恨意。
复仇与复活
皇甫龙斗的目标是推翻灵域和御灵史的统治，找到四颗神珠以重启世界，改写未来。他希望通过这个计划复活唐笑笑，因为唐笑笑可能因他而死。他帮助曹焱兵变强，以便在夺得四颗神珠后复活唐笑笑。
对御灵使的不满
皇甫龙斗的行动可能也是对御灵使的一种反抗。他认为御灵使们忌惮他的神武灵力量，先行下手，导致他的大计划失败，最终遭到御灵使的洗牌报复。
综合以上几点，皇甫龙斗的背叛行为是由他对灵域的隐瞒和背叛、个人遭遇的不公、复仇与复活的愿望以及对御灵使的不满等多方面因素共同作用的结果。