石皇在《完美世界》中的去向有以下几种说法：
上界：
石昊在成为石国新任石皇后，为了躲避荒域大劫，他可能偷渡上界，并在上界化名荒，征战天界，最终得仙古第一的称号。
上苍之上：
石昊最后带了火灵儿去了上苍之上，这是一个比荒域更大的世界，有提到轮回，石昊对此地非常在意，因为荒想要复活柳神等人。
失踪：
石皇在大劫中为了能扛过去，引动了所有的后手与力量，最终从大劫第一波攻击之中活了下来，但之后失踪，具体去向不明。
被封印或被抓：
有推测认为石皇的肉身被敌人抓住并关入监狱，而他的意识可能还在石国的小世界进行考验。
综合以上信息，可以得出以下结论：
石皇最终去了上界，并在那里化名荒，征战天界，最终得仙古第一的称号。他的具体失踪原因和过程在小说中没有明确交代，但很可能是因为为了躲避大劫而主动离开，并偷偷渡上界。