鱼类主要通过鳃进行呼吸。鳃位于鱼类头部的两侧，由许多薄片状的鳃丝组成。当鱼类在水中游动时，嘴巴一张一合，将水吞咽进鳃腔，然后水从鳃裂中流过。鳃丝上的微血管密集，水中的氧气通过鳃薄膜进入鱼的血液，同时血液中的二氧化碳释放到水中。这个过程是由浓度差驱动的，即氧气浓度较高的水进入血液，而二氧化碳浓度较高的血液则释放到水中。
除了鳃，一些鱼类还拥有一些辅助呼吸器官，例如：
鱼鳔：某些鱼类，如肺鱼，可以使用鱼鳔进行呼吸，让它们在离水后也能存活一段时间。
皮肤和口腔黏膜：例如弹涂鱼，可以在水外通过皮肤和口腔黏膜进行呼吸，但需要定期回到水中。
肠道：在缺氧的情况下，泥鳅可以游到水面，通过肠道进行呼吸。
鱼类没有像哺乳动物那样的肺，因此它们不能直接从空气中获取氧气。鳃是它们适应水中生活的专门呼吸器官