菩提祖师不见孙悟空的原因可以归纳为以下几点：
身份特殊：
菩提祖师原为天地灵物菩提树，后成为一代宗师，拥有极高的法力和智慧。
通晓古今未来：
菩提祖师知晓孙悟空未来的行为，包括他会惹出祸端，因此选择不见他，以免受到牵连。
防止泄露行踪：
菩提祖师凌驾于佛仙之上，他的行踪不能泄露，以免被寻找他的佛仙和道君找到，从而危及众佛仙的安全。
孙悟空的本性：
菩提祖师观察了孙悟空的心性，虽然孙悟空性格顽劣，但本心善良，最终选择传授他本领。
剧情需要：
在《西游记》这部小说中，菩提祖师的出现和消失都是为了剧情的需要，用以推动故事的发展。
孙悟空的使命：
菩提祖师认为孙悟空的使命已经完成，可以功成身退，因此选择让他离开。
以上几点综合了菩提祖师不见孙悟空的可能原因。