庆帝杀害叶轻眉的原因是多方面的，主要包括以下几点：
巩固皇权：
叶轻眉成立了监察院和国库，拥有极高的权力，这对皇权构成了威胁。庆帝为了巩固自己的帝位，不得不消除这一威胁。
自身安全：
叶轻眉拥有五竹这样的强大机器人，其力量在当时武力鼎盛的四大宗师之上。庆帝为了自身的人身安全，决定除掉叶轻眉。
神庙信仰：
叶轻眉是从神庙逃出来的，并带走了神庙的五竹和一些武器。在神庙信仰至上的时代，叶轻眉的存在被视为对神庙的挑衅，庆帝为了维护神庙的信仰，选择杀了她。
思想背离：
叶轻眉是一个现代人，她的思想和封建帝制格格不入，这种思想上的背离让庆帝感到恐惧和不安。随着叶轻眉的威望越来越高，她的影响力也越来越大，庆帝担心她最终会威胁到自己的皇位。
利用与抛弃：
叶轻眉曾帮助庆帝登上皇位，但庆帝在利用完她之后，为了维护自己的权力和地位，最终选择将她杀害。
政治斗争：
叶轻眉的改革触动了太多人的利益，包括太后等权贵。庆帝在维护自身地位的同时，也顺应形势，决定除掉叶轻眉以消除政治上的障碍。
综上所述，庆帝杀害叶轻眉的原因是多方面的，既有巩固皇权的需要，也有对个人安全和权力的考虑，还有对神庙信仰的维护以及政治斗争的需要。这些因素共同作用，最终导致了叶轻眉的悲剧结局。