《隐形守护者》游戏的结局共有4种不同的结局，分别是：
扶桑安魂曲：
玩家在剧情第五章的最后接受了武藤领事的建议，刺杀了浅野，并以日本军人龟田太郎的身份返回日本，最终因身份暴露被美军轰炸而死。
丧钟为谁而鸣：
主角为了掩护方敏离开而光荣战死。
美丽世界：
主角成为国民党，几乎杀死了所有知道自己身份的人，最终死在了自己的老上司手中。
红色芳华：
这是游戏的真结局，玩家通过一系列的选择最终实现了较为理想的结局。
此外，游戏中还存在若干导致角色死亡的结局，通常是因为玩家在关键时刻做出了不利于角色潜伏的选择。