申请停薪留职的流程通常包括以下几个步骤：
提交申请 ：职工本人需要向所在单位提交书面申请，说明申请停薪留职的原因和期限。单位审批：
单位行政领导对申请进行审批，并决定是否同意停薪留职。
签订协议：
一旦申请被批准，职工与单位应签订书面的“停薪留职”协议书，明确双方的权利和义务。
备案：
协议书需要报企业主管部门和当地劳动人事部门备案。
特别注意事项
如果职工打算从事个体经营，必须凭协议书到当地工商行政管理部门办理登记手续。
停薪留职期间，原则上应按月向原单位缴纳劳动保险基金，数额通常不低于本人原标准工资的百分之二十。
停薪留职期间计算工龄。
停薪留职合同的内容应包括停薪留职的期限（通常不超过3年）、工资和劳保福利待遇的处理、工龄计算等。
请根据最新的法律法规和单位的具体规定进行操作，并确保所有步骤符合法律要求。