真菌的繁殖方式主要分为三种：营养繁殖、无性生殖和有性生殖。
营养繁殖
菌丝断裂：菌丝体的一部分断裂后，每一段都可以发育成一个新的菌丝体。
细胞分裂：如裂殖酵母通过细胞分裂进行繁殖。
出芽繁殖：如酿酒酵母从母细胞上以出芽方式形成芽孢子进行繁殖。
厚壁孢子：在不良环境中，菌丝中间个别细胞膨大形成休眠细胞，即厚壁孢子。
无性生殖
孢囊孢子：在孢子囊内形成的不动孢子。
分生孢子：由分生孢子梗的顶端或侧面产生的不动孢子。
芽管萌发：无性孢子在适宜条件下萌发形成芽管，进而形成新的菌丝体。
有性生殖
接合生殖：两个真菌细胞通过胞质融合形成接合管，交换遗传物质后形成二倍体核，再经减数分裂形成单倍体核。
子囊生殖：真菌通过形成子囊进行有性繁殖，内含多个子囊孢子，这些孢子经过减数分裂形成。
卵式生殖：涉及卵细胞和精子的结合，形成有性孢子。
真菌的繁殖方式不仅是一种生存策略，也是保持物种遗传多样性的重要手段