日本旅行选择自由行还是跟团，主要取决于您的个人喜好、旅行经验、语言能力以及预算等因素。以下是两种旅行方式的优缺点，供您参考：
自由行
优点：
行程灵活性：
可以根据自己的喜好安排行程，想待多久就待多久。
深度体验：
可以更深入地探索感兴趣的景点。
个性化服务：
如定制机构可以提供个性化行程规划和路书，包括酒店和机票预定。
文化体验：
自由安排餐饮，可以尝试当地美食。
缺点：
准备工作繁琐：
需要提前做好行程规划、机票酒店预定等。
语言障碍：
如果不会日语，可能需要依赖翻译工具。
成本可能较高：
相比跟团，自由行可能在某些方面开销更大。
跟团游
优点：
省心省力：
签证、机票、酒店等无需自己安排。
包含购物点：
部分跟团游行程中会包含购物安排。
安全性高：
跟团游通常有团队支持，遇到问题时可以得到及时帮助。
成本相对较低：
跟团游总体费用通常比自由行便宜。
缺点：
行程紧凑：
时间有限，可能无法深入体验每个景点。
缺乏自由：
行程安排较为固定，个人意愿可能无法完全实现。
购物压力：
部分跟团游行程中包含指定购物点，可能有消费压力。
结论
如果您是第一次去日本，或者不愿意做太多行前准备，跟团游可能是一个更省心且安全的选择。
如果您对日本文化有深厚的兴趣，希望有更自由的旅行体验，自由行可能更适合您。
考虑成本的话，跟团游可能在总体上更为经济。
如果您有一定的语言能力，自由行可以让您更深入地体验当地文化。
最后，请根据您的个人情况和偏好做出选择