经济适用房回购是否会亏损取决于多个因素，包括购买时间、回购政策以及市场价值的变化。以下是相关情况的概述：
购买时间
如果购买经济适用房不满5年，通常不得上市交易。在这种情况下，如果需要回购，价格将按照原购买价格并考虑折旧和物价水平等因素来确定。如果在此期间房价有显著上涨，未获得房屋的一方可能会感到亏损。
购买时间
如果购买经济适用房满5年，政府有优先回购的权利。出售时，需要按照届时同地段普通商品房和经济适用住房差价的一定比例交纳土地收益等价款。购房人也可以在补缴政府应得收益后取得完全产权。
离婚时的房产分割
在离婚时，如果经济适用房的价值较高，未获得房屋的一方可能会因为按照原价值分割而感到亏损。而如果按照市场价分割，则可能与法规、规章、政策相悖。
政策变化
随着时间的推移，政策可能会有所调整，这也会影响回购价格。
综上所述，经济适用房回购是否会亏损取决于具体的政策规定、市场状况以及个人情况。在面临此类问题时，建议咨询专业的法律顾问以获得最准确的信息和建议