根据提供的信息，关于小说《末日时在做什么？》的结局，存在一些不同的说法。以下是整理的信息：
在小说的某个版本中，莲并没有死，而是继续活着。
另一部分信息提到，莲在小说的最后部分仍然有戏份，并且在小说第二部中莲依然健在。
有说法认为，莲为了保护男主和其他角色，开启精灵之门战死，但最终暗示男主还活着。
根据最新的信息，莲在经历了一系列事件后，成为了世界的观测者，并代替大贤者守护浮游大陆群。
另有观点提出一个不同的结局，即如果威廉没有陪跳，奈芙莲可能会选择自爆炸死那些兽，然后飞船载着剩下的人远走高飞，珂朵莉也可以带着最后几根蓝毛继续健忘并幸福地活。
综上所述，莲在小说《末日时在做什么？》的结局中存活了下来，并继续参与了故事的后续发展。如果您需要更详细的信息，建议直接阅读小说的第二部以获得完整的故事情节