自交是指来自同一个体的雌雄配子的结合，或者具有相同基因型的个体间的交配，也可以指来自同一无性繁殖系的个体间的交配。在植物学中，自交很常见，例如雌雄同花植物的自花授粉，或是雌雄异花但同株的植物授粉。在动物学中，由于动物通常为雌雄异体，基因型相同的个体间的交配也被视为自交，其含义相对于植物来说更为广泛。
需要注意的是，自交与自由交配和近交是不同的概念：
自由交配：指的是群体中雌雄个体随机交配，与自交不同，自由交配没有限制交配伙伴的选择。
近交：指的是亲缘关系较近的个体间进行的交配，如亲缘关系相近的两个个体至少有一个共同祖先，在遗传学上属于完全或不完全的同型交配。
自交在遗传学上有着重要的应用，比如在育种学中，通过自交可以纯化基因，优选出优良的自交系，进而利用杂交技术获得杂交优势，提高作物的产量