有效质量系数小于90通常意味着结构在振动分析中的性能不足，可能需要进行结构布置的调整或结构设计的优化。以下是一些建议的步骤和考虑因素：
结构布置检查
对于3层建筑，通常最多只能有9个振型，如果超过这个数量还不能满足要求，可能需要重新考虑结构布置的合理性。
振动分析方法
可以采用侧刚模型或总刚模型进行结构震动分析。
当结构中存在弹性变形（如局部或整体弹性楼板单元）或较多错层构件时，建议使用总刚分析法。
振型数与结构形式
振型数与楼的各层自由度有关，对于刚性楼板的层，自由度较少；对于弹性楼层，自由度根据弹性质点数量确定。
结构布置会影响振型数，需要通过试算来确定合适的振型数。
特殊结构处理
对于跃层较多或空旷的结构，可能需要调整振型数直至满足要求。
软件设置
在相关软件（如PKPM）的前处理中设置自动计算振型数，直至有效质量系数达到90%以上。
局部振动问题
检查结构空间振动简图，观察各振型，找出局部振动的位置。
检查结构中是否有输入错误的构件，如铰接点错误或节点未正确搭接。
结构刚度问题
如果结构中某层只有梁而没有板，可能导致该层不能形成有效的嵌固端，需要将该层做成刚性地坪。
数据分析中的有效质量系数
如果问题出现在数据分析中，检查数据质量和数量，选择合适的特征，或尝试不同的模型来提高有效质量系数。
请根据具体情况选择合适的解决方法，并可能需要咨询结构工程师或相关专业人士