温太医自宫的原因是多方面的，主要包括以下几点：
保护甄嬛：
温太医和甄嬛之间有着深厚的友情，甚至可能有着超越友情的情感。当甄嬛被诬陷与温太医有染，并且甄嬛的孩子被认为是温太医的时，温太医为了证明自己的清白，避免给甄嬛带来更大的麻烦，选择了自宫。
自证清白：
温太医与沈眉庄之间产生了感情，并且沈眉庄已经怀孕。为了避免被揭露与沈眉庄的关系，以及避免可能的惩罚和灭族之灾，温太医选择了自宫来证明自己的清白。
保全沈眉庄和她未出生的孩子：
温太医深知沈眉庄腹中的孩子是他的骨肉，他担心如果自己和沈眉庄的关系被揭露，不仅自己会遭受惩罚，沈眉庄和孩子也会受到牵连。因此，他选择自宫，以保全沈眉庄和孩子的安全。
消除皇帝的疑虑：
温太医自宫后，皇帝对他的疑虑彻底消除，这也间接保护了甄嬛和沈眉庄。皇帝在得知温太医自宫后，可能认为之前的诬陷是子虚乌有，从而不再怀疑甄嬛和温太医的关系。
内心的挣扎与觉悟：
温太医在自宫前已经做好了充分的准备和觉悟，他知道自己的选择是艰难的，但为了所爱之人，他愿意承担一切后果。
综上所述，温太医自宫是一个极其复杂和痛苦的决定，但也是他在当时情境下能做出的最佳选择，以保护他所珍视的人。