摩托车发生短路的原因主要包括：
电器部件损坏：
整流器、灯具、开关等电器部件损坏可能导致短路。
线路问题：
线路与车架摩擦刮蹭造成破皮，或者线路进水、线皮破损都可能导致短路。
接触不良：
带电导线与车架或其他金属件接触，电流可能不经过用电器直接搭铁。
启动机问题：
启动机内部可能发生短路，或者启动机本身的问题。
电瓶问题：
电瓶外壳或内壳破裂、电解液浓度过低、极板损坏等都可能导致短路。
环境因素：
在阴雨和湿度较大的天气中，电器、电路上易产生漏电和短路现象。
预防措施包括确保车上线路没有松动或刮蹭，并定期检查电器件和电瓶的状态。