公司扣款是否违法，主要取决于扣款的金额和比例。根据《工资支付暂行规定》第十六条，如果公司扣除的工资超过劳动者当月工资收入的20%，并且扣除后的工资低于当地的最低工资标准，那么这种行为是违法的。
具体来说，如果公司扣款超过劳动者当月工资的20%，并且扣除后的剩余工资低于当地的最低工资标准，就属于“克扣工资”的违法行为。此外，除了法律规定的允许扣工资的几种情形（例如因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的赔偿），基于其他情形而进行的扣工资行为都是违法的。
因此，公司在进行扣款时，必须遵守这一比例限制，并确保扣除后的工资不低于当地的最低工资标准，否则可能构成违法行为。建议劳动者在遇到此类问题时，及时咨询当地劳动监察部门或律师，以维护自己的合法权益。