大蛇丸与佩恩并没有在《火影忍者》的电视动画中直接对决的情节。参考信息中提到，大蛇丸是日本漫画《火影忍者》及其衍生作品中的重要角色，而佩恩则是该系列中的另一个关键角色。在漫画和动画中，大蛇丸与佩恩确实有过交锋，但这些对决并不在同一集中发生。
在动画中，自来也与大蛇丸的对决发生在93-99集，而自来也与佩恩的对决则是在349-353集。这些集数信息表明，大蛇丸和佩恩在故事中有各自独立的战斗场面，并没有直接对战的集数。
另外，在游戏《火影忍者疾风传：究极忍者风暴-革命》中，有一个忍者活剧【｢晓｣创生】的情节描述了大蛇丸与佩恩之间的交手，但这属于游戏内容，并非动画剧集