菏泽市共有以下火车站：
菏泽站：
位于牡丹区中华路东首，是京九铁路和新兖铁路的交汇点，目前为鲁西南地区最大的客运火车站。
菏泽东站：
位于定陶区桶子河村，是日兰高速公路南侧，距菏泽市区约10公里。
曹县站：
位于曹县迎宾路，是二等站，建于1996年。
定陶站：
位于定陶区济阴路东首，为四等站，建于1996年。
郓城站：
位于郓城县临城路西，为县级火车站之一。
巨野站：
位于巨野县新华路南93号，为县级火车站之一。
东明县站：
位于东明县站前路54号，为县级火车站之一。
鄄城站：
位于鄄城县闫什镇220国道，为县级火车站之一。
此外，菏泽还拥有若干高铁站，包括菏泽东站、巨野北站等，以满足高速列车的停靠需求。