抚仙湖考古中断的原因主要有以下几点：
技术和设备问题：
水下考古需要精良的技术设备和前期投入巨大的资金。抚仙湖底的地质条件复杂，水下古城需要承受巨大的水压和淤泥的覆盖，这需要更高质量的考古设备和技术。因此，技术和设备问题是导致抚仙湖考古中断的重要原因之一。
环境保护需求：
水下考古等探寻活动与环保之间发生了冲突，更改了水下生态环境和水质，也会造成文物遗址的损坏。为了保护水下生态环境和文物遗址，避免继续的伤害，国家决定停止对抚仙湖水下古城的开发和探寻。
这些原因共同作用，最终导致了抚仙湖考古的中断。