朱允炆的死因至今仍有争议，主要有以下两种说法：
自焚而死
据《明史·成祖本纪》记载，朱允炆在靖难之役后，面对燕王朱棣的军队兵临南京城下，无力回天，选择自焚身亡。
有史学研究表明，朱允炆在宫中大火中丧生，燕王朱棣随后宣布建文帝已自焚，并声称找到尸体。
遁入道门
有学者认为朱允炆并未自焚，而是化名詹碧云，隐居在江西上饶玉山三清山任三清宫住持道士，并修建了陵墓和相关石雕。
另有说法称朱允炆削发为僧，被僧司溥洽所救，并一直藏在江苏吴县普洛寺内。
还有考证指出朱允炆于永乐二十一年（1423年）死于江苏吴县穹窿山。
以上说法均存在争议，朱允炆的真实下落至今仍是一个未解之谜。