“一只小船”和“一支小船”在语义上都是可以接受的，但它们的使用场景和习惯上略有不同。
“一只小船”
这个表达更常用于描述较小或较轻便的船。例如，在诗歌、散文或日常口语中，可能会听到这样的用法。它传达了一种亲切、小巧的感觉。
“一支小船”
“支”作为量词通常用于细长的物体，如“一支笔”、“一支队伍”等。虽然“支”不常用于船，但在某些语境下，为了强调船的小巧或独特性，也可以使用“一支小船”。
建议
在正式或需要明确表达的情况下，建议使用“一条小船”，因为这是更常见和标准的用法。
在文学或非正式的场合，可以根据个人习惯或地区差异选择使用“一只小船”或“一支小船”。
总结来说，两者在语义上都可以接受，但具体使用哪个量词更合适，还需根据语境和表达需求来决定。