收费站的管理部门主要依据其所在道路的类型和性质而有所不同。以下是收费站可能归属的部门：
高速公路上的收费站：
通常隶属于省市的高速公路管理部门，具有事业编制性质。
国道上的收费站：
由经过省份的公路局管理，同样属于事业编制性质。
县道上的收费站：
归地方交通管理局或相关事业单位管理，也是事业编制性质。
政府与私人合作建设的收费站：
这类收费站属于私人性质。
收费站的管理责任：
一般由公路管理机构负责，包括建设、维护、管理和收费等，而执法和维护秩序的职责则由地方交通运输行政主管部门协助完成。
收费站政务职位：
高速公路管理段的上级单位一般是公路局，再上级是交通厅。
综上所述，收费站的管理部门可以是省市高速公路管理部门、公路局、地方交通管理局，或者是私人企业，具体归属取决于收费站的建设和运营性质。建议您根据实际情况，查询当地具体的管理部门。