大柱山隧道在施工过程中遇到了多个挑战和失误，主要包括以下几点：
地质条件复杂：
大柱山隧道位于横断山脉，地质构造错综复杂，包括岩溶、岩溶水、暗河、溶洞、断层、岩爆、放射性地形等。
施工难度大：
隧道需要穿越多达六条断层破碎带，其中水寨断层就长达640米。此外，隧道还要通过五段岩溶发育地段和三条褶皱构造。
涌水问题：
隧道施工中经常遇到突水问题，涌水量巨大，曾有一次涌水事件导致大量泥沙封住隧道，需要重新施工。
岩爆和软岩大变形：
由高地应力造成的岩爆和软岩大变形增加了施工难度。
施工环境恶劣：
隧道处于“三高四活跃”的地质环境，易发生突水、突泥和围岩失稳等地质灾害。
施工条件限制：
由于隧道位于地质环境复杂的横断山脉，只能从两个口分别凿进，给施工带来诸多不便。
安全风险：
隧道穿越的煤层中含有大量瓦斯，存在燃爆风险。
施工进度受影响：
由于上述困难，施工进度受到严重影响，例如在燕子窝断层段，24小时轮流施工耗时26个月才完成。
这些失误和挑战导致大柱山隧道在预计的11年工期后仍未贯通，并且在施工过程中多次出现需要重新施工的情况。