中统和军统是中国历史上两个重要的情报机构，它们在性质、任务、组织结构等方面存在显著差异：
性质不同
中统是国民党中央的情报机构，隶属于国民党中央执行委员会调查统计局。
军统是国民政府军事委员会的情报机构，属于国民党军队序列，全称为国民政府军事委员会调查统计局。
主要负责人不同
中统的领导人为陈果夫、陈立夫兄弟，属于国民党C.C系。
军统的领导人为戴笠，后由毛人凤接替，戴笠对蒋介石忠心耿耿。
工作任务不同
中统的工作重心是监控国民党机关内部情况，打击国民党之外的党派，控制社会舆论和思想。
军统的主要任务是收集各类情报、对军队进行监视整治，对敌对势力进行逮捕暗杀。
工作领域和管辖领域不同
中统的管辖领域包括党务问题以及全国各地的行政机关、学校的党务问题，还有社会上的教化舆论。
军统的管辖领域主要是军队、警宪以及各地的交通部门。
组织结构不同
中统的组织结构相对集中，主要围绕局长室建立各处室，并在各省市设有调查统计室。
军统的组织结构较为严密，分为内勤和外勤两套系统，内勤主要是局机关，外勤分为“区”、“站”两级机构。
历史沿革不同
中统成立于1927年，最初是党务调查机构，后逐渐转向特务工作。
军统成立于1938年，其前身为复兴社特务处，后扩编为“调查统计局”。
隶属关系不同
中统名义上听从蒋介石指挥，但实际上只听命于蒋介石个人。
军统直接受蒋介石节制，因为蒋介石是国民政府军事委员会的委员长。
这些区别反映了两个机构在国民党不同历史阶段的不同职能和角色，以及它们在国民党政权内部的不同地位和影响力