元朝的首都有两个，分别是 上都和 大都（今北京）。
上都：
位于内蒙古自治区锡林郭勒盟正蓝旗金莲川草原，是元朝建立后的第一个首都，始建于1256年。上都遗址如今仍然保留着纵横交错的城墙街道和高低错落的建筑群遗迹。
大都：
位于今天的北京市市区，由元代科学家刘秉忠规划建设，从元世祖忽必烈至元四年（1267年）至元顺帝至正二十八年（1368年）为元代京师。大都的城址大致位于今北京市的北部，具体范围北至元大都土城遗址，南至长安街，东西至二环路。
综合来看，虽然上都和大都都是元朝的重要都城，但大都（今北京）在元朝历史中的地位更为重要，也是元朝最后的都城，自1272年起，元朝的统治中心完全向中原转移。