东巴基斯坦独立的原因是多方面的，主要包括以下几点：
政治和经济不平等
西巴基斯坦人（旁遮普族、普什图族、信德族等）把持了政府和军队的全部高级职位，军政大权和经济利益分配基本全由西巴人掌握，导致东巴人（孟加拉族）不满。
东巴基斯坦虽然人口众多，土地肥沃，经济收入高，但大部分收入被收回国有并投入西巴建设，东巴得不到足够的投资和发展，生活困难。
文化和语言歧视
叶海亚·汗政府在社会层面实行歧视政策，公务员、军队等80%以上都是西巴人，东巴人受到排挤。
强行定西巴语言为国语，不顾东巴的孟加拉语现状，在教育、医疗、卫生、福利等方面对东巴实行歧视政策，引起东巴百姓极大不满。
军事镇压
1971年3月，西巴军队在东巴地区发动“探照灯行动”，清洗杀害东巴的孟加拉族学者、知识分子、学生和普通百姓，引发东巴更激烈的反弹，大量孟加拉族士兵脱离巴军。
1971年12月，印度介入，爆发第三次印巴战争，印度军队占领东巴基斯坦，巴基斯坦军队溃败，东巴宣布独立。
外部势力的干涉
印度利用东巴的不满和内乱，趁机出兵干涉，发动第三次印巴战争，最终促使东巴基斯坦独立。
美国在战争中派遣舰队到孟加拉湾，警告印度不要利用东巴基斯坦的种族屠杀为借口进行大规模攻击，但未能阻止印度的干预。
综上所述，东巴基斯坦的独立是内部政治和经济不平等、文化和语言歧视、军事镇压以及外部势力干涉等多重因素共同作用的结果。