蘑菇是由 菌丝体和 子实体两个主要部分组成的。
菌丝体是蘑菇的营养器官，由成熟的孢子萌发形成，是蘑菇生长和营养吸收的主要部分。菌丝是多细胞结构，具有细胞壁、细胞核和细胞膜，通过顶端生长来伸长，最初为白色细长绵毛状，随着生长逐渐变成丝状。菌丝体可以潜入培养料或土壤中（基内菌丝），或分布在土壤表面（气生菌丝）。
子实体是蘑菇的繁殖器官，在成熟时形状类似一把打开的小伞，包括菌盖、菌褶、菌柄等部分。子实体是蘑菇用于产生孢子和繁殖后代的结构。
蘑菇的生长不依赖光合作用，而是通过分解有机物质获取营养。它们是真核生物，拥有完整的细胞结构