耕地占用税的记入科目主要取决于企业的具体用途和情况，以下是几种常见情况的会计处理：
一般企业购建固定资产
耕地占用税作为固定资产价值的组成部分，应记入“在建工程”或“固定资产”科目。
房地产开发企业
购买土地时缴纳的耕地占用税先计入“无形资产——土地使用权成本”。
正式开发建设时，再将耕地占用税转入“开发成本——土地征用及拆迁补偿费”。
砂石厂等矿山企业
如果耕地占用税与荒山开采砂石相关，可能计入“管理费用”。
另外，有观点认为耕地占用税应直接记入购买土地成本中。
综上所述，耕地占用税的会计处理需要根据企业的实际用途和相关法规进行判断。一般企业购建固定资产时记入“在建工程”或“固定资产”科目；房地产开发企业则分别记入“无形资产——土地使用权成本”和“开发成本——土地征用及拆迁补偿费”；矿山企业可能记入“管理费用”或直接计入土地成本。建议根据具体业务类型和会计准则，选择合适的科目进行核算。