在游戏《汉之云》和《云之遥》中，主角朝云和暮云的关系和相认的过程是游戏剧情的一部分。根据提供的信息，以下是朝云和暮云相认的时间线：
1. 在游戏《汉之云》中，朝云和暮云在融合后活的是朝云，并没有明确说明是在融合前后他们知道了彼此的身份。但在进入空间裂隙前，暮云否认了和朝云有关系，而朝云也无从证实。合体出来后，朝云声称自己杀了亲弟弟，暗示此时他已经知道了自己的身份。
2. 在游戏《云之遥》中，无论是暮云篇还是朝云篇，都是在合体后才获得了对方的记忆。朝云通过小暮云得知了暮云的记忆，而暮云则是通过朝云本人得知了朝云的记忆。
因此，可以说朝云和暮云在《云之遥》中通过合体后互相获得了对方的记忆，从而相认。