菩提根的颜色种类相当丰富，主要包括以下几种：
白色：
菩提根新鲜果实的颜色，代表干净、纯洁，并象征着高贵和简单。
黄色：
随着落果年限的增加，果肉开始呈现黄色系，风化时间更长会出现深黄色。
棕色：
经过长时间的风化，菩提根可能呈现咖啡色系或深棕色。
黑色：
菩提根也有黑颜色的变种，通常被认为是初学者盘玩的佳品。
绿色：
阴皮绿色系的菩提根较为特别，通常在果实落地后埋入土中形成。
其他颜色：
市面上也有经过染色处理的红色、粉红、紫色等菩提根，但这些都是非天然颜色。
盘玩菩提根时，其颜色会随着时间变化，可能会经历由白色到黄色，再到红色甚至黑色的过程，并且有可能出现开片现象。
需要注意的是，菩提根的颜色变化受多种因素影响，包括自然风化、盘玩方式以及存放环境等。