农业企业在运营过程中需要缴纳的税种主要包括：
增值税
农业生产者销售的自产农产品通常免征增值税。
对于非自产农产品或经过加工的农产品，一般纳税人适用的税率为9%，小规模纳税人适用的征收率为3%。
企业所得税
从事农业项目的所得可能免征或减征企业所得税。
具体免税或减税项目包括蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植等项目。
符合条件的小型微利企业可能享受优惠税率。
个人所得税
农业企业作为扣缴义务人，需要为员工代扣代缴个人所得税，包括工资、薪金所得和劳务报酬所得。
其他税种
可能包括城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加费、印花税、耕地占用税、房产税和土地使用税等。
请注意，税收政策可能会有更新和变化，具体情况需要根据当地税务部门的规定和解释来确定。