日本武士对忍者的恨意主要基于以下几点：
手段卑劣
忍者在完成任务时，常常采用各种隐蔽和卑鄙的手段，这些手段在武士道精神中是被视为不光彩的。武士讲究的是光明磊落、忠诚勇敢，而忍者的行为往往违背了这一原则。
出身低微
忍者大多出身贫苦贱民，而武士则是贵族和地主的子弟，他们在社会地位上有明显的优势。这种出身和身份上的差异使得武士对忍者产生了天然的优越感和鄙视。
职业定位
武士是为君主和国家效力，最终有机会成为权力中枢的重要人物，甚至拥有自己的封地和军队。而忍者则永远是忍者，他们的命运始终掌握在雇主手中，无法获得更高的社会地位和政治权力。
生存方式
忍者的生存方式是不择手段，为了完成任务不惜牺牲自己和他人。这种生存方式在武士眼中是极端丑陋的，不符合武士道精神中的道德准则。
综上所述，日本武士对忍者的恨意主要源于忍者在手段、出身、职业定位和生存方式上的不同，这些差异使得武士在心理上对忍者产生了强烈的优越感和鄙视。