在《口袋妖怪：漆黑的魅影》中，捕捉三神柱的步骤如下：
准备精灵
将吼鲸王（100号）放在队伍首位，古空棘鱼（179号）放在最后一个位置。
找到石板并调查
在132号水路，顺着浪向左滑行，滑到134号水路，找到一个可以下潜的地方。潜入后走到最深处，会发现一段奇怪的代码。在代码所在的地方上浮到海底遗迹，然后走到最上面的代码前，在正上方靠右一格的地方使用挖洞技能（28号），墙壁会出现一个洞。
触发事件
调查最上方的石板中间，会有事件发生，这时世界3个地方的封印被解除，可以去捕捉三神柱了。三个地方都被六块石头围着，很容易识别。
捕捉三神柱
岩神柱雷吉洛克：位于沙漠下方，进入洞后，先调查墙壁上的字，然后在往左走两格，往下走两格，使用碎石秘传技能，上方的洞就能打开，进入后就可以捕捉40级岩神柱了。
冰神柱雷吉艾斯：位于105号水路，进入被6块岩石包围的山洞。先调查墙壁正中间的字，接下来从调查的位置起绕着洞窟转一圈，上方洞就可以打开，进入后就可以捕捉40级的冰神柱了。
钢神柱雷吉斯奇鲁：在120号道路下雨的地方，进入后，先调查墙壁上的字，然后走到洞的中间使用闪光密传机器，上方洞就可以打开，进入后就可以捕捉40级的钢神柱了。
通过以上步骤，你就可以成功捕捉到三神柱了。建议先准备好所需的精灵，并在进入每个神柱的洞之前仔细阅读墙上的文字，以确保能够顺利触发事件并捕捉到相应的神柱。