集装箱商铺是否合法取决于多个因素，包括其是否获得了必要的审批和许可、是否符合当地的城市规划和土地使用规定等。以下是一些关键点：
合法经营的要求：
合法经营需要获得工商及相关部门的许可，并在许可范围内合法营业。
经营场所的审批：
经营场所应当是国家允许的类型，如公司一般选择写字楼，个体工商户一般选择商铺。
可移动性与占道经营：
如果集装箱商铺是可移动的，可能属于占道经营，但这并不意味着它是违法的，具体要看当地的规定。
政府许可：
在一些情况下，如果集装箱商铺获得了相关政府职能部门的临时性经营许可，它可能是合法的。
违章建筑的可能性：
如果集装箱商铺未办理规划审批手续，没有土地使用证，可能被视为违章建筑，城管执法部门有权依法拆除。
法院判决：
在一些具体案例中，法院的判决可能因具体情况而异。有的案例中，即使商铺由集装箱改造而成，但只要获得了政府许可，合同可能仍然有效。
综上所述，集装箱商铺是否合法需要根据当地法律和具体情况进行判断。建议咨询当地相关部门获取最准确的信息