明朝开国功臣李善长最终被朱元璋处死，主要原因如下：
胡惟庸案牵连
李善长与胡惟庸有密切关系，胡惟庸是其举荐，并且两家有姻亲关系。
在胡惟庸谋反案爆发时，李善长未能及时揭发，反而被怀疑有同谋之意，最终因此被朱元璋所不容。
功高震主
李善长作为明朝的开国元勋，功劳极大，但在权力斗争中，朱元璋可能担心其势力过大，威胁到自己的统治。
年老约束不住部下
洪武二十三年（1390年），李善长已经77岁，年老体衰，可能无法有效约束自己的部下，这也被朱元璋视为其罪责之一。
朱元璋的猜忌与清洗
朱元璋在胡惟庸案后对开国功臣产生了更大的疑心，李善长作为朝中地位显赫的重臣，自然成为重点清洗对象。
锦衣卫的推动
朱元璋的亲信毛骧领导的锦衣卫在寻找谋反的理由时，很容易就找到了李善长，最终导致李善长被下狱并处死。
天人感应的迷信
在李善长被捕后，有钦天监官员报告“星变”，朱元璋迷信地认为这是李善长即将被处死的征兆，于是下令将其处死。
综上所述，李善长的死是多方面因素共同作用的结果，主要原因是其与胡惟庸的密切关系、功高震主以及朱元璋的猜忌和清洗。最终，李善长被朱元璋以“大逆不道”的罪名处死，其家族也遭受了严重的打击。