根据中国的相关法律规定，农村村民一户通常只能拥有一处宅基地，且宅基地的面积不得超过当地省、自治区、直辖市规定的标准。如果一个农户拥有两处宅基地，并且两处房屋的建筑面积均已达到国家规定的标准，那么其中一处宅基地可能会被农村集体依法回收。
合法原因：
如果拥有两处宅基地有合法原因，如村集体内部合法交易或转让，并且转让过程符合规定，公示无异议，则可能都确权。
分户政策：
部分农村家庭成员多，分户后可能需要新的宅基地，这种情况下的一户多宅是合法的。
宅基地面积未超标：
如果申请新宅基地时，总面积未超过当地限制面积标准，则可能合法。
继承宅基地：
父母去世后，子女继承房屋所有权，宅基地随之变动，这种情况下的一户多宅也是合法的。
户口回迁：
因参军、上大学等原因户口迁出后回迁，可能因政策冲突导致多申请一处宅基地，这种情况下的一户多宅也是合法的。
无合法原因：
如果没有合法原因，超出“一户一宅”原则的宅基地，可能会被收回。
需要注意的是，宅基地的确权争议可以通过协商解决、行政解决或司法解决。如果对政府处理决定不服，可以向人民法院提起诉讼。
以上信息基于最新的法律法规和规定，具体处理方式可能因地区而异，建议咨询当地村委会或相关部门获取最新信息