明朝的古都经历了两个阶段：
南京（应天府）
初期都城：明朝初期，即从1368年朱元璋建立明朝到1420年明成祖朱棣迁都之前，明朝的都城是南京，称为应天府。南京在明朝前期具有重要的政治和文化地位，是明朝开国皇帝朱元璋的都城，也是明朝前期的政治、经济和文化中心。
留都：尽管明成祖朱棣迁都至北京，南京依然作为留都存在，继续发挥其政治和文化作用。
北京（顺天府）
迁都之后：1420年，明成祖朱棣将都城从南京迁至北京，改称为顺天府。北京从此成为明朝后期及至明朝灭亡的政治中心。
综上所述，明朝的古都分别是南京（应天府）和北京（顺天府）。