占用耕地建房的处理方法主要包括：
责令退还土地：
由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责，责令非法占用耕地的单位或个人退还非法占用的土地。
拆除违建：
在非法占用的土地上新建的房屋，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令拆除。
罚款：
可以并处罚款，具体金额依据相关法规确定。
行政处分：
对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分。
追究刑事责任：
构成犯罪的，依法追究刑事责任。
行政复议：
如果对处罚不服，可以提出行政复议。
土地复垦：
违反规定占用耕地建房，造成土地破坏的，还可能需要承担土地复垦义务。
请根据具体情况，遵循法律程序，合法合规地处理占用耕地建房的问题。