长江的历史可以追溯到约1.4亿年前，这一时间发生在侏罗纪时期的燕山运动期间。当时，长江上游形成了唐古拉山脉，青藏高原逐渐抬高，形成了许多高山深谷、洼地和裂谷。长江中下游的大别山和川鄂间的巫山等山脉隆起，四川盆地凹陷，古地中海进一步向西部退缩。到了白垩纪时期，四川盆地缓慢上升，夷平作用持续发展，云梦、洞庭盆地继续下沉。到了新生代始新世时，发生了强烈的喜马拉雅山运动，青藏高原隆起，古地中海消失，长江流域普遍间歇上升。
此外，有研究指出，长江三峡的河流贯通时间比先前认为的要早，约在4500万年前开始贯穿三峡地区。
综上所述，长江自身已存在超过一亿年，而与人类文明相伴的历史约有7000年，有文献记载的历史则约为2500年