自来也未能救下三代火影的原因可以从多个角度进行分析：
剧情需要
自来也的出现是为了推动剧情发展，如果自来也出手帮助三代，可能会减少大蛇丸的戏份，不利于后续剧情的安排。
自来也的实力
在三忍之战时，自来也打不过大蛇丸，面对三代和大蛇丸的战斗，自来也如果去救三代反而显得尴尬，可能影响他作为木叶第一战力的形象。
对三代实力的信任
自来也信任三代的实力，认为三代不可能轻易被大蛇丸击败。
自来也的性格
自来也是一个乐观的理想主义者，相信同伴的力量，认为三代火影猿飞日斩不可能轻易死亡，同时他也是一个见死不救的事情绝对做不到的人。
其他责任
自来也当时可能正忙于处理村子的混乱和控制九尾人柱力，这些责任可能让他无法及时去救援三代。
结界限制
三代被两层四紫炎阵罩住，这种结界不是普通忍者能够解除的，自来也除非拥有时空间忍术，否则无法直接救援。
对大蛇丸的期望
自来也相信大蛇丸能够改过自新，重新回到木叶，因此他可能选择相信大蛇丸而不是立刻去救援三代。
木叶村的安全
木叶村当时可能还面临外来者的袭击，自来也作为村子的守护者，有责任去应对这些威胁，不能因为私事而忽略大局。
以上分析基于《火影忍者》的故事情节和角色设定，每个观点都有其合理性，但实际情况可能更为复杂。在《火影忍者》中，自来也未能救下三代火影是多方面因素共同作用的结果