船只通过三峡大坝的方式主要有两种：
“大船爬楼梯”
对于3000吨以上的船舶，需要通过五级船闸逐次通过。
船舶从下游驶来，需要先进入五号闸室，然后通过输水系统充水抬高水位，使船舶随闸室水位上升，依次通过四号、三号、二号和一号闸室，最终进入高峡平湖。
从上游驶向下游的过程则相反。
“小船坐电梯”
对于较小的船舶，可以使用三峡升船机。
船舶首先驶入承船厢，关闭承船厢下游闸门后，承船厢通过爬升装置上升，直到与上游水库水位齐平。
打开承船厢上游闸门后，船舶即可驶出承船厢，进入上游航道。
升船机使得小船能够快速地通过大坝，而五级船闸则适用于大型船舶。过闸大约需要两个半小时。