牟尼沟和毕棚沟各有其独特的魅力和优势，具体哪个更好取决于个人的兴趣和偏好。以下是它们的一些比较：
自然风光
牟尼沟：以山水风光著称，景区内有丰富的自然景观，包括大小海子、钙化池瀑布等，与九寨沟的彩池有相似之美，同时也有黄龙的“瑶池”之称。
毕棚沟：被誉为“川西小瑞士”，拥有美丽的雪山、瀑布、湖泊和原始森林。景区内有82个自然景点，包括奇峰峻峭、沟壑纵横、冰川林立等，还有神秘的女皇峰等奇观。
旅游体验
牟尼沟：游客可以在这里欣赏到壮观的瀑布和湖泊，同时也可以体验温泉等休闲活动。
毕棚沟：除了自然风光外，还可以进行徒步、露营等户外活动，尤其是秋季，毕棚沟的彩林景色非常美丽，是摄影爱好者的天堂。
地理位置和交通
牟尼沟：位于松潘县西南，距离成都约300公里，交通相对便利。
毕棚沟：位于阿坝藏族羌族自治州理县，距离成都约201公里，同样交通便利，但相对于牟尼沟来说，地理位置稍远一些。
住宿和餐饮
牟尼沟：附近有一些住宿设施，但选择相对较少。
毕棚沟：有较多的住宿选择，包括松潘0837客栈等，同时这里也有丰富的餐饮选择。
建议
如果你对山水风光和瀑布有特别的喜爱，且希望体验较为宁静的度假氛围，牟尼沟是一个非常好的选择。
如果你希望在美丽的自然环境中进行徒步、露营等户外活动，尤其是欣赏秋季的彩林，毕棚沟将是一个更完美的目的地。
根据以上信息，你可以根据自己的兴趣和时间安排，选择适合自己的旅游目的地。