新疆南疆地区包括以下县：
1. 和田地区：
和田市
和田县
墨玉县
皮山县
洛浦县
策勒县
于田县
民丰县
2. 阿克苏地区：
阿克苏市
温宿县
库车县
沙雅县
新和县
拜城县
乌什县
阿瓦提县
柯坪县
3. 喀什地区：
喀什市
疏附县
疏勒县
英吉沙县
泽普县
莎车县
叶城县
麦盖提县
岳普湖县
伽师县
巴楚县
塔什库尔干塔吉克自治县
4. 克孜勒苏柯尔克孜自治州：
阿图什市
阿克陶县
阿合奇县
乌恰县
5. 巴音郭楞蒙古自治州：
库尔勒市
和静县
和硕县
博湖县
轮台县
尉犁县
若羌县
且末县
焉耆回族自治县
以上信息根据最近更新的数据整理得出，具体行政区划可能会有变动，请以官方最新公布的信息为准。