日本人被称为“倭寇”的原因主要有以下几点：
身材矮小：
古代日本人普遍身材较矮小，因此民间称他们为“倭人”。这些身材矮小的海盗被称为“倭寇”，意指“矮小的贼寇”。
地理位置特殊：
日本是一个岛国，资源有限，加上对物资的需求强烈，导致一些日本人沦为海盗，抢夺过往商船和沿海百姓的物资，因此被百姓称为“贼寇”。
历史记载：
在明清时期，日本海盗经常袭扰中国沿海，面对日本人的武器，明朝原有的武器很吃亏，因为日本人矮，一旦蹲下的话，刀枪的作用就差了很多。为了改正这种弊端，戚继光将军组建了一支人高马大的僧军，人人使用铁棍，居高临下，日本人的长刀根本抵挡不住。
文化和语言：
古代中国人称日本为“倭国”，因此将侵犯中国沿海的日本兵称为“倭寇”。这个称呼反映了古代中国人对日本人的贬义和敌意。
综上所述，日本人被称为“倭寇”主要是因为他们身材矮小，以及他们在历史上对中国沿海地区的侵扰行为。这个称呼带有贬义和敌意，反映了古代中国人对日本人的不满和警惕。