公司车辆进行年检时，通常需要准备以下材料：
1. 机动车查验记录表；
2. 车辆识别代号（车架号）拓印纸粘贴在《机动车查验记录表》上；
3. 行驶证原件及复印件；
4. 机动车交通事故责任强制保险单（副本）原件及复印件；
5. 如车辆由修理厂维修，则需在查验表上盖章；
6. 机动车安全技术检验合格证明；
7. 轻型汽油车需提供尾气检测合格报告单；
8. 如需委托本地核发合格标志，需提供《委托核发机动车检验合格标志通知书》和回执；
9. 涉及交通安全违法行为和交通事故的车辆应事先处理完毕；
10. 如是代理年检，需提供代理人身份证明及复印件和机动车所有人的书面委托。
请根据当地车辆管理所的具体要求准备相应的材料，并确保所有文件的有效性和完整性。