仓央嘉措的死因至今仍是一个谜团，不同的历史记载和民间传说给出了不同的解释。以下是一些关于他死因的说法：
病逝：
有传说认为仓央嘉措在押解至北京的途中，因病在青海湖边去世。
被暗杀：
也有说法认为他是在途中被拉藏汗秘密杀害。
囚禁而死：
另一种说法是他被清帝囚禁于五台山，抑郁而终。
成为牧人：
还有传说认为他可能被解差私自释放，最终成为青海湖边的一个普通牧人。
政治斗争：
部分学者认为仓央嘉措的死是清廷与藏传佛教教廷、蒙藏贵族之间政治斗争的牺牲品。
由于官方记载并未明确记载死因，以上各种说法均缺乏确凿证据，因此仓央嘉措的真正死因仍然是一个未解之谜