当淘宝店铺因违规行为被扣除12分时，将会面临以下处罚：
店铺屏蔽：
店铺将被屏蔽，期间无法被搜索到，也无法进行商品发布和修改。
限制发布商品及公示警告：
店铺将限制发布新商品，并在店铺首页进行为期7天的公示警告。
需要参加处罚考试：
处罚期满后，店铺需要进行一场由50道选择题组成的考试，考试通过后才能解除上述限制。
信誉度影响：
每扣12分，店铺的信誉度将受到影响，可能会导致店铺权重下降，进而影响店铺和宝贝的排名。
申诉途径：
如果对扣分有异议，可以联系淘宝客服进行申诉，提供相关证据说明情况。
建议
及时整改：首先要找到被扣分的原因，并立即改正自己的违规行为，如下架违规商品、修改不当图片等。
积极沟通：如果对扣分有疑问或认为处罚过重，可以通过淘宝客服进行申诉，争取减轻或取消处罚。
维护信誉：在扣分后，应更加注意维护店铺信誉，避免再次违规，以免影响店铺的正常运营。
通过以上措施，可以尽量减少扣分带来的负面影响，并尽快恢复店铺的正常运营。