脊索动物门分为3个亚门，10个纲。这10个纲分别是：
1. 圆口纲（Cyclostomata）
2. 软骨鱼纲（Chondrichthyes）
3. 硬骨鱼纲（Osteichthyes）
4. 两栖纲（Amphibia）
5. 爬行纲（Reptilia）
6. 鸟纲（Aves）
7. 哺乳纲（Mammalia）
8. 无颌纲（Agnatha）
9. 盾皮纲（Pterygii）
10. 头索动物亚门（Cephalochordata）中的文昌鱼纲（Amphioxus）
脊索动物门的这些纲各具特点，共同构成了脊索动物这一高等动物门类